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5'...G A A G A C (N)2#...3' 3'...C T T C T G (N)6#...5' L'enzima di retsrizione BpiI riconosce i siti GAAGAC(2/6)^ e taglia a 37°C in 5-15 minuti usando il tampone universale FastDigest Buffer. Questo enzima è un isoschizomero di BbsI avente la stessa specificità (Isoschizomeri: BpuAI, BstV2I).