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5'...C#C N N G G...3' 3'...G G N N C#C...5' L'enzima di restrizione BseDI riconosce i siti C^CNNGG e taglia a 55°C in 5-15 minuti usando il tampone universale FastDigest Buffer. Questo enzima è un isoschizomero di BsaJI avente la stessa specificità (Isoschizomeri: BssECI).