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5'...C#Y C G R G...3' 3'...G R G C Y#C...5' L'enzima di restrizione Eco88I riconosce i siti C^YCGRG e taglia a 37°C in 5-15 minuti usando il tampone universale FastDigest Buffer. Questo enzima è un isoschizomero di AvaI avente la stessa specificità (Isoschizomeri: Ama87I, BmeT110I, BsiHKCI, BsoBI).