Cosa sono gli m-block DNA Fragments?

Frammenti di DNA a doppia elica (dsDNA), personalizzati e non clonati, assemblati a partire da oligonucleotidi di altissima qualità prodotti da metabion.
Gli m-blocks metabion vengono generati sovrapponendo oligonucleotidi sintetici mediante annealing ed elongazione basata su PCR, per ottenere frammenti di DNA a doppia elica.
La sofisticazione del design e la qualità degli oligonucleotidi utilizzati sono fattori chiave per ottenere frammenti di DNA di alta qualità, caratterizzati da un basso tasso di errore e da un’elevata efficienza nel recupero della sequenza corretta e completa.

 Specifiche standard m-block

• Lunghezza della sequenza: 200 – 2000 bp;
• Basi standard del DNA;
• Contenuto GC: 40 – 70 %;
• Ripetizioni dirette/indirette/palindromiche o hairpin < 25 nt;
• Nessun elemento ripetuto > 20 nt entro i primi e ultimi 35 basi della sequenza (estremità 5’ e 3’);
• Tratti omopolimerici non più lunghi di 18 nt (A/T) o 12 nt (G/C);
• Opzioni disponibili:
  • Fosforilazione 5′ (gruppo 5′-fosfato);
  • Biotinilazione (5′-Biotina) su entrambi i filamenti.
• Quantità standard fornita: 1.000 ng, in forma secca;
• Controllo qualità rigoroso tramite elettroforesi su gel e sequenziamento Sanger.

Specialità metabion: m-block DNA Fragment Libraries

Gli m-block DNA Fragment Libraries contengono un certo numero di basi “wobble”, ideali per l’ingegneria di anticorpi ricombinanti e proteine.
Le basi wobble sono miscele di 2-4 nucleotidi differenti (es. A/C; A/C/T; A/C/T/G) in una data posizione della sequenza.
L’approccio personalizzato di metabion consente massima flessibilità nel posizionamento, nel rapporto e nel numero di basi wobble.
Di default, le basi wobble vengono mescolate in rapporti equimolari prima della sintesi degli oligo.
Per rapporti diversi, è possibile contattarci direttamente servizioclienticer@dgroup.it.

Perché scegliere gli m-blocks?

• Semplici e flessibili: possibilità di concatenare più frammenti per creare costrutti più grandi. Nessun adattatore richiesto, nessuna restrizione per i metodi di clonaggio a valle;
• Produzione rapida: per rispettare le scadenze di ricerca;
• Convenienti: ottimo rapporto qualità-prezzo;
• Alta fedeltà di sequenza: massima qualità garantita.

Controllo qualità

Assemblare sequenze dsDNA da oligonucleotidi è un processo complesso.
Regioni ripetute, contenuti GC elevati o tratti omopolimerici possono causare errate appaiature o assemblaggi.
Un’altra sfida è evitare delezioni di singole basi. Gli m-block vengono assemblati usando oligo di circa 60 basi. La qualità di questi oligo è cruciale per la fedeltà del frammento finale.
Metabion, grazie a 25 anni di ottimizzazione della sintesi, ha raggiunto efficienze di accoppiamento del 99,6%, circa 0,5% sopra lo standard di settore.
Con tale efficienza, solo il 21% degli oligo risulta non full-length, contro il 42% con i valori standard (99,1%).
Dopo l’assemblaggio, viene applicato un metodo proprietario di correzione enzimatica degli errori, per garantire la massima integrità e fedeltà di sequenza.
Il controllo qualità comprende:

• Elettroforesi su gel di agarosio per verifica dimensionale e del successo di assemblaggio;
• Sequenziamento Sanger per confermare la correttezza della sequenza.

Applicazioni

Gli m-block Gene Fragments sono componenti chiave nella ricerca in scienze della vita e trovano impiego in:

• Ingegneria enzimatica;
• Ricerca su anticorpi e proteine;
• Creazione di cassette di espressione gRNA per gene editing CRISPR/Cas9;
• Ricerca su vaccini;
• Costruzione di frammenti dsDNA più lunghi, geni completi o interi genomi;
• Applicazioni diagnostiche (MDx) come standard (q)PCR, controlli positivi o saggi di melting ad alta risoluzione.

Gli m-blocks si integrano perfettamente con kit di clonaggio e assemblaggio e piattaforme automatizzate, semplificando l’inserimento delle sequenze nei sistemi preferiti di clonaggio.