Gli adatattori barcode sono piccole sequenze legate all’inserto durante i protocolli NGS e sono indispensabili per il sequenziamento: lo scopo principale del loro utilizzo è l’identificazione univoca del singolo campione.
Tutti gli adattatori NEXTFLEX contengono sequenze UDI (Unique Dual Indexes), aggiunte alle estremità delle molecole da sequenziare durante la NGS library prep.
La presenza di due adattatori permette di minimizzare l’effetto dell’index hopping, dovuto a un errore di sequenziamento che produce un incorretto appaiamento tra la read e il suo adatattore.
L’utilizzo degli adattatori permette di processare più campioni in parallelo, diminuendo costi e tempi.
Revvity offre set di 384 adattatori costituiti da 8 nucleotidi oppure set di 1536 adattatori da 10 nucleotidi, compatibile con la maggior parte delle applicazioni di DNA-seq e RNA-seq e con le piattaforme di sequenziamento Illumina ed Element.
Revvity, inoltre, offre più di 250.000 adattatori UMI (Unique Molecular Adapters) dalla lunghezza di 10 nucleotidi, utili in applicazioni in cui serve differenziare i duplicati derivanti dalla PCR (i quali condividono la stessa sequenza UMI) dal numero di copie effettive (ognuna con la propria sequenza UMI).
Sono anche molto utili nel distinguere casi di potenziali varianti dagli errori introdotti durante la library prep.
Tutte le sequenze UDI e UMI sono incorporate tramite processo di ligazione (e non di PCR), riducendo così il rischio di comparsa di errori e permettendo l’implementazione di protocolli privi di PCR.
L’utilizzo di queste frequenze è fortemente consigliato in applicazioni di ricerca di varianti, analisi dell’espressione genica, sequenziamento di cellule tumorali, ctDNA, esosomi, single-cell RNA-seq.